跨境校巴是指已獲政府簽發特別配額為跨境學童提供跨境接送服務的跨境巴士。有關跨境巴士營辦商必須持有相關管制站的跨境巴士常規配額，方可提出特別配額的申請。
2020/21學年合資格乘坐跨境校巴的跨境學童如下：
文錦渡及沙頭角管制站適用
在深圳居住及就讀於
(i)北區、大埔、沙田、元朗及屯門區的幼稚園及小一至小六年級的學童；或
(ii)自2014/15學年起，有跨境學童經小一入學統籌辦法統一派位階段被派往「統一派位選校名單(居於內地申請兒童)」內黃大仙、東涌及葵青區小學的學童。
深圳灣及落馬洲（皇崗）管制站適用
在深圳居住及就讀於
(i)北區、大埔、沙田、元朗及屯門區的幼稚園、小學及中學中一至中三年級的學童；或
(ii)自2014/15學年起，有跨境學童經小一入學統籌辦法統一派位階段被派往「統一派位選校名單(居於內地申請兒童)」內黃大仙、東涌及葵青區小學的學童。
港珠澳大橋香港口岸適用
在珠海居住及就讀於
(i)自2014/15學年起，有跨境學童經小一入學統籌辦法統一派位階段被派往「統一派位選校名單(居於內地申請兒童)」內黃大仙、葵青及屯門區小學的學童；或
(ii)東涌區內幼稚園、小學及中學的學童。
政府會於文錦渡、落馬洲(皇崗)、沙頭角港方管制站及港珠澳大橋香港口岸為獲發特別配額的跨境校巴所接載的跨境學童提供「免下車過關檢查」服務，衞生署、入境事務處及香港海關人員會登車為已登記使用有關服務的跨境學童進行過境檢查。以常規配額營運的跨境巴士不能使用有關服務。
政府每年均會重新審批跨境校巴特別配額的申請，一般會於每年5月至6月期間處理下學年的申請。家長應與學校及營辦商保持緊密聯繫，以便及早知悉下學年交通安排及有關申請事宜的最新消息。
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2020/21學年獲發特別配額的跨境校巴營辦商資料
(有效期至2021年7月)(排名不分先後)
跨境校巴營辦商* | 深圳灣 管制站 | 落馬洲(皇崗) 管制站 | 文錦渡 管制站 | 沙頭角 管制站 | 港珠澳大橋 香港口岸 | 聯絡電話 |
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環島旅運有限公司 | √ |
|
|
| 2230 3083 | |
快達香港豪華客車有限公司 | √ | √ | √ | √ | 2230 3010 2230 3083 | |
香港可樂發展有限公司 | √ | √ | √ |
| 2230 3083 | |
金源泰香港有限公司 | √ | √ | 2230 3083 | |||
利迅投資有限公司 | √ | √ | √ | 2230 3083 | ||
輝順投資有限公司 | √ |
| 2690 3893 | |||
廣東長虹旅游客運有限公司 | √ | √ | 6081 7385 6444 8080 | |||
廣通旅運有限公司 | √ | √ | 3628 2714 | |||
麗斯出租車服務有限公司 | √ |
| 2399 0393 | |||
香港南方貿易旅運有限公司 | √ | √ | 2399 0393 | |||
深富有限公司 |
|
| √ | 3996 8234 | ||
冠忠遊覽車有限公司 | √ |
| √ | 2262 3148 | ||
榮利(港深)運輸有限公司 | √ | √ | 2397 2222 | |||
粵港汽車運輸聯營有限公司 | √ | √ | 2559 8348 | |||
通榮達(集團)有限公司 | √ | √ | 2795 1268 | |||
東僑客運有限公司 | √ |
|
|
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| 2778 1222 |
穗港客車有限公司 |
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| √ |
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| 2381 2220 |
香港中旅汽車服務有限公司 | √ |
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| 2766 8628 |
* 個別跨境校巴營辦商獲發多於一個特別配額於2020/21學年提供跨境校巴服務。
