為培養團員自行管理團務及自發策劃活動的能力，公益少年團辦事處推行「學生自治計劃」。在此計劃之下，會員學校可透過成立學生執行委員會，讓團員協助導師籌劃各項活動及執行簡單的職務，藉以獲得領袖訓練及策劃活動的工作經驗。新任的學生執行委員，將獲發委員襟章，學校亦可頒發委任狀，以資鼓勵。 |  公益少年團委員章 |
中學公益少年團組織
中學公益少年團的執行委員會須負責制訂團的活動及處理行政事務。公益少年團負責老師則聯同或透過主席推行該團的工作。公益少年團的長遠計劃以及其他重要事項須於全體團員大會提出討論，並由執行委員會作出最後決定；至於短期計劃，則須先由執行委員會提出，再交由負責推行活動的小組考慮。
執行委員會的委員須由團員選出，至於選舉的日期以及方式，則由各校公益少年團自行決定。學校擬備校內公益少年團章則時可參考導師手冊中「學校公益少年團會章及則例」並根據學校的情況作出適當更改。
小學公益少年團的組織
小學公益少年團可在團內成立不同小組，每個小組可由10個團員組成，由一名合適的團員任組長，公益少年團負責老師可委任小五及小六團員為組長及副組長，協助執行一些較簡單的職務，讓他們從中獲得領袖訓練及經驗。
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